สาธารณรัฐมอลตาเป็นประเทศในทะเลเมดิเตอร์เรเนียนตอนกลาง มีที่ตั้งเหมาะทางด้านยุทธศาสตร์ทางทหารและการค้าเพราะเชื่อมต่อระหว่างยุโรปกับแอฟริกาเหนือ และระหว่างดินแดนตะวันตกกับตะวันออก มอลตาจึงเป็นที่หมายปองของชาติต่าง ๆ ตั้งแต่สมัยจักรวรรดิโรมัน ใน ค.ศ. ๘๗๐พวกอาหรับแย่งชิงมอลตาจากจักรวรรดิไบแซนไทน์ (Byzantine) และปกครองนานถึง ๒๒๐ ปีก่อนจะถูกพวกนอร์มันซึ่งมีเคานต์โรเจอร์แห่งซิซีลี (Roger of Sicily) ผู้นำของราชอาณาจักรซิซีลีเข้ายึดครองใน ค.ศ. ๑๐๙๐ ในช่วงเวลา ๔๔๐ ปีต่อมามอลตาซึ่งเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรซิซีลีก็ถูกขายครั้งแล้วครั้งเล่าให้แก่ขุนนางและเจ้าผู้ครองนครต่าง ๆ ใน ค.ศ. ๑๕๓๐ จักรพรรดิชาลส์ที่ ๕ แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์(Holy Roman Empire) ทรงยกมอลตาให้กลุ่มอัศวินแห่งเซนต์จอห์นแห่งเยรูซาเลม(Knights of Saint John of Jerusalem) ซึ่งไม่มีที่อยู่อาศัยเนื่องจากถูกพวกเติร์กขับไล่ออกจากเกาะโรดส์ (Rhodes) ระหว่าง ค.ศ. ๑๕๒๒-๑๕๒๓ มอลตาซึ่งอยู่ใต้การปกครองของอัศวินแห่งมอลตา (Knights of Malta) นานถึง ๒๗๕ ปี จึงพัฒนาเจริญขึ้นเป็นศูนย์กลางการค้าศาสนาและวัฒนธรรมที่สำคัญของพวกคริสเตียนใน ค.ศ. ๑๗๙๘ มอลตาถูกนโปเลียน โบนาปาร์ต (Napoleon Bonaparte) นำกองทัพฝรั่งเศส เข้ายึดครอง แต่อังกฤษสนับสนุนให้มอลตาเคลื่อนไหว ต่อต้านอำนาจการปกครองของฝรั่งเศส ได้สำเร็จใน ค.ศ. ๑๘๐๐ มอลตาจึงสมัครใจเข้าเป็นดินแดนในอารักขาของอังกฤษ ใน ค.ศ. ๑๘๑๔ ตามข้อตกลงในสนธิสัญญาปารีสมอลตากลายเป็นอาณานิคมของอังกฤษอย่างเป็นทางการ และได้รับเอกราชเมื่อวันที่ ๒๑ กันยายน ค.ศ. ๑๙๖๔ โดยยังคงรวมอยู่กับเครือจักรภพ (Common-wealth of Nations)
     หลักฐานทางโบราณคดีระยะแรก ๆ ที่มีอยู่ในมอลตาระบุว่ามอลตาเดิมเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของพวกฟินีเชีย (Phoenician) แต่การค้นพบหลักฐานโบราณคดีในปัจจุบันสามารถพิสูจน์ได้ว่ามีผู้คนอยู่อาศัยในมอลตาตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ประมาณ ๕,๒๐๐ ปีก่อนคริสต์ศักราช โบสถ์และวัดที่สร้างด้วยหินสมัยก่อนประวัติศาสตร์ ซึ่งยังคงหลงเหลืออยู่แสดงว่ามอลตาเคยเป็นศูนย์กลางทางศาสนาที่สำคัญมาตั้งแต่ ๓,๖๐๐ ปีก่อนคริสต์ศักราชซึ่งเก่าแก่และเกิดขึ้นก่อนหน้าพวกซูเมอร์(Sumer) ในเมโสโปเตเมียและอียิปต์ ทั้งถือได้ว่าเป็นโบราณสถานที่มีอายุเก่าแก่ที่สุดของโลก ในช่วงต้นศตวรรษที่ ๗ หรือศตวรรษที่ ๘ ก่อนคริสต์ศักราชพวกฟินีเชียซึ่งควบคุมเส้นทางการค้าในแถบเมดิเตอร์เรเนียนได้ตั้งถิ่นฐานในมอลตาและเรียกชื่อเกาะว่า “มอลลัต”ซึ่งหมายถึง “ท่าเรือที่ปลอดภัย” (safe haven)ต่อมาพวกคาเทจิเนียน (Carthaginian) จากแอฟริกาเหนือ ได้จัดตั้งอ่าวจอดเรือและแหล่งค้าขายขึ้นบนเกาะรวมทั้งก่อสร้างวิหารซึ่งยังคงมีซากหลงเหลืออยู่ ในระหว่างสงครามพิวนิก (Punic War) ครั้งที่ ๒ มอลตาถูกพวกโรมันยึดครองและผนวกเข้าเป็นส่วนหนึ่งของสาธารณรัฐโรมันเมื่อ ๒๑๘ ปีก่อนคริสต์ศักราชพวกโรมันเรียกเกาะนี้ว่า เมลีตา (Melita) มีโบราณสถานสมัยโรมันหลงเหลืออยู่หลายแห่งในมอลตาซึ่งรวมทั้งลวดลายในกระเบื้องที่เมืองเมลีตา [ปัจจุบันคือมดีนา (Medina)และบางส่วนของเมืองราบัต (Rabat)] ในช่วงที่โรมันปกครองมอลตา เรือที่เซนต์ปอล(St. Paul) โดยสารซึ่งกำลังเดินทางกลับกรุงโรมเพื่อนำเซนต์ปอลและพวกคริสเตียนไปพิจารณาคดีเกิดอัปปางลงบริเวณอ่าวเซนต์ปอลในปัจจุบัน ในช่วงที่พักซ่อมแซมเรือเซนต์ปอลสามารถโน้มน้าวให้ชาวพื้นเมืองหันมานับถือคริสต์ศาสนา และต่อมามีการจัดตั้งชุมชนชาวคริสต์ขึ้นบนเกาะโดยบ้านที่เซนต์ปอลเคยพักกลายเป็นโบสถ์แห่งแรกในมอลตา สถานที่เซนต์ปอลเคยพำนักในเวลาต่อมาได้กลายเป็นสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งชาวคริสต์นิยมเดินทางมาจาริกแสวงบุญจนถึงปัจจุบัน
     ในคริสต์ศตวรรษที่ ๕ พวกอนารยชนเผ่าแวนดัล (Vandal) และกอท(Goth) เผ่าอื่น ๆ เข้าปล้นมณฑลของจักรวรรดิโรมันในแอฟริกาเหนือรวมทั้งจักรวรรดิโรมันตะวันตก มอลตารอดพ้นจากการถูกรุกรานและต่อมาถูกรวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิไบแซนไทน์ ในรัชสมัยจักรพรรดิจัสตีเนียน (Justinian) ในค.ศ. ๘๗๐ พวกอาหรับได้เข้ายึดครองมอลตาและปกครองเป็นเวลา ๒๒๐ ปี ในช่วงเวลาดังกล่าวมอลตาได้รับอิทธิพลทางด้านภาษาและวัฒนธรรมรวมทั้งด้านสถาปั ตยกรรมของพวกอาหรับ พวกอาหรับได้นำเทคนิคการชลประทานมาใช้ซึ่งปัจจุบันในบางพื้นที่ของมอลตาก็ยังคงใช้กันอยู่โดยไม่มีการเปลี่ยนแปลง มีการก่อสร้างส่วนที่เป็นป้อมปราการของโรมันให้เป็นเมืองตามรูปแบบสถาปัตยกรรมอาหรับ เช่นเมืองมดีนาซึ่งเป็นเมืองหลวงของพวกอาหรับในมอลตา กล่าวกันว่าภาษามอลตีส ก็มีที่มาจากภาษาอาระบิกซึ่งต่อมาผสมผสานเข้ากับภาษาอิตาลี และภาษาอังกฤษโดยใช้อักษรละตินเป็นตัวเขียน ใน ค.ศ. ๑๐๙๐ เคานต์โรเจอร์ที่ ๑ (Roger I) แห่งราชอาณาจักรซิซีลีซึ่งเป็นพวกนอร์มันพยายามแย่งชิงมอลตาจากพวกอาหรับเพื่อใช้มอลตาเป็นด่านป้องกันการขยายตัวของพวกอาหรับจากแอฟริกาเหนือสู่ซิซีลี สงครามระหว่างซิซีลีกับอาหรับที่ยึดเยื้อสิ้นสุดลงใน ค.ศ. ๑๑๒๗ ในสมัยของโรเจอร์ที่ ๒ ผู้เป็นทายาท และเป็นจุดเริ่มต้นของการเปลี่ยนแปลงในมอลตาจากอิทธิพลวัฒนธรรมอาหรับมาเป็นวัฒนธรรมยุโรปอย่างค่อยเป็นค่อยไป ตลอดช่วง ๔๔๐ ปีที่มอลตาเป็นของซิซีลี มอลตาถูกเปลี่ยนมือโดยการซื้อขาย เป็นสินสมรส มรดกตกทอด และบรรณาการให้แก่พวกขุนนางและเจ้าผู้ครองต่าง ๆ ตั้งแต่ราชวงศ์ซวาเบีย(Swabia) อากีแตน (Aquitaine) อาระกอน (Aragon) กาสตีล (Castile) และใน ค.ศ. ๑๔๗๙ ก็กลายเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของจักรวรรดิสเปน
     ในต้นคริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ พวกเติร์กแห่งจักรวรรดิออตโตมัน (OttomanEmpire) หรือตุรกีเริ่มขยายอำนาจเข้ามาทางตะวันออกเฉียงใต้ของยุโรปซึ่งเป็นการคุกคามกรุงโรม ใน ค.ศ. ๑๕๒๒ กองทัพเติร์กซึ่งมีสุลต่านสุไลมานที่ ๒ (Suleiman II)เป็นผู้นำสามารถขับพวกอัศวินแห่งเซนต์จอห์นออกจากเกาะโรดส์ในทะเลเอเจียน(Agean) ซึ่งทำให้ด่านป้องกันกรุงโรมจากทางตอนใต้เสี่ยงต่อการคุกคาม จักรพรรดิชาลส์ที่ ๕ แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ หรือพระเจ้าชาลส์์ที่ ๑ แห่งสเปน ทรงหวาดวิตกว่าหากกรุงโรมตกอยู่ใต้การยึดครองของพวกเติร์ก ดินแดนคริสเตียนยุโรปก็จะประสบความหายนะพระองค์จึงยกมอลตาให้เป็นที่อยู่อาศัยของกลุ่มอัศวินแห่งเซนต์จอห์นและใช้เป็นด่านป้องกันทางทะเลเพื่อสกัดกั้นการคุกคามจากพวกเติร์กกลุ่มอัศวินแห่งเซนต์จอห์นหรือที่เรียกกันทั่วไปในเวลาต่อมาว่า “อัศวินแห่งมอลตา”ซึ่งเป็นทั้งนักรบและนักเดินเรือที่เก่งกล้า จึงปกครองมอลตาเป็นเวลา ๒๗๕ ปีและสร้างมอลตาให้เป็นด่านป้องกันทางทะเลที่แข็งแกร่งรวมทั้งเป็นดินแดนที่เจริญและมั่งคั่งทางศิลปวัฒนธรรม
     นอกจากมอลตาจะเป็นด่านทางทหารที่เข้มแข็งแล้วยังกลายเป็นแหล่งที่พักและศูนย์ความช่วยเหลือทางการแพทย์แก่ผู้แสวงบุญที่เดินทางไปดินแดนศักดิ์สิทธิ์(Holy Land) ที่ใช้เส้นทางทะเลผ่านมอลตา รวมทั้งเป็นฐานกำลังทางทะเลในการโจมตีเรือของพวกเติร์ก อัศวินแห่งมอลตาได้สร้างป้อมปราการตามบริเวณชายฝั่งตั้งแต่เมืองบิร์กู (Birgu) ที่มีท่าเรืออันเหมาะสมไปจนถึงสุดปลายเกาะตรงป้อมเซนต์เอลโม (St. Elmo) ซึ่งปัจจุบันคือที่ตั้งของกรุงวัลเลตตา (ใน ค.ศ. ๑๕๖๔สุลต่านสุไลมานผู้เกรียงไกร (Suleiman the Magnificent) สั่งให้นายพลมุสตาฟาปาชา (Mustafa Pasha) เตรียมบุกและเข้ายึดมอลตา ในกลางเดือนพฤษภาคมค.ศ. ๑๕๖๕ กองทัพเรือเติร์กซึ่งมีกำลังพล ๔๐,๐๐๐ คนก็บุกเข้าโจมตีมอลตาโดยมีปาชาแห่งแอลเจียร์ (Algiers) ซึ่งเป็นคู่แข่งทางทะเลของมอลตาให้การสนับสนุนการโจมตีมอลตาเริ่มที่ป้อมเซนต์เอลโมเป็นจุดแรกเมื่อวันที่ ๑๘ พฤษภาคม และยึดครองได้เมื่อวันที่ ๒๔ มิถุนายน เหล่าอัศวินและชาวบ้านมอลตาที่ติดอาวุธรวม๙,๐๐๐ คน ต่างยืนหยัดต่อต้านการบุกโจมตีอย่างเข้มแข็งและกล้าหาญและต่อมาได้รับการสนับสนุนทางทะเลจากกองเรือสเปน และซิซีีล จนท้ายที่สุดก็สามารถขับกองทัพเติร์กให้ถอนกำลังการยึดครองได้เมื่อวันที่ ๘ กันยายน ค.ศ. ๑๕๙๕ ซึ่งต่อมากลายเป็นวันหยุดของชาติที่มีความหมายสำคัญที่สุดในปฏิทินของมอลตา ประมาณว่าฝ่ายมอลตาสูญเสียเกือบ ๓๐,๐๐๐ คน และเหลือรอดชีวิตเพียง ๖๐๐ คนหลังการถอนกำลังจากการยึดครองอันยืดเยื้อของพวกเติร์กในเหตุการณ์ที่รู้จักกันดีในเวลาต่อมาว่า “การปิดล้อมครั้งใหญ่แห่งมอลตา”(GreatSiege of Malta)พวกเติร์กก็ยุติการคุกคามทางทหารต่อยุโรป ส่วนสุลต่านสุไลมาน ก็ิส้นพระชนม์ในอีกไม่กี่ปีต่อมา
     หลังการถอนทัพของพวกเติร์ก มอลตาก็ได้รับการบูรณะฟื้นฟูขึ้นใหม่ มีการสร้างเมืองใหม่ที่มีป้อมปราการป้องกันโดยเรียกชื่อว่า วัลเลตตา ตามชื่อของชองปารีโซ เดอ ลา วาแลต (Jean Parisot de la Valette) ซึ่งเป็นแกรนด์มาสเตอร์(Grand Master) ของกลุ่มอัศวินแห่งมอลตาในการต่อสู้กับพวกเติร์กจนมีชัยชนะอย่างไรก็ตาม การที่พวกเติร์กไม่เคยกลับมาโจมตีอีกก็ทำให้ป้อมปราการที่สร้างขึ้นไม่เคยได้รับการทดสอบความแข็งแกร่งและกลายเป็นโบราณสถานสำคัญที่ปัจจุบันได้รับการอนุรักษ์ไว้ นอกจากป้อมปราการแล้วยังมีการก่อสร้างลาซาคราอินเฟอร์-เมเรีย (La Sacra Infermeria) โรงพยาบาลขนาดใหญ่ซึ่งบรรจุคนป่วยได้เกือบ๗๕๐ คน บริเวณนอกป้อมเซนต์เอลโม โรงพยาบาลนี้ได้ชื่อว่ามีห้องผู้ป่วยหลักที่ยาวที่สุดในยุโรปคือ ๑๕๕ เมตร และมีเทคนิคการรักษาพยาบาลที่ทันสมัยที่สุดในยุโรปขณะนั้นเพราะมีการต้มเครื่องมือผ่าตัด ทั้งคนไข้ได้รับอาหารอย่างดีเสิร์ฟในจานเงิน กล่าวกันว่ามีการฆ่าไก่เป็นอาหารเฉลี่ยวันละ ๒๐๐ ตัว เหล่าอัศวินแห่งมอลตาต่างถือว่าเกาะมอลตาเป็นแผ่นดินบ้านเกิด พวกเขาจึงทุ่มเททรัพย์สินทุกสิ่งในการสร้างและพัฒนามอลตาให้เป็นดินแดนที่น่าอยู่อาศัยและงดงามด้านศิลปะและสถาปั ตยกรรมโดยเฉพาะกรุงวัลเลตตาซึ่งได้ชื่อว่าเป็น “เพชรน้ำเอก” ของมอลตา ระหว่างปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ ถึงคริสต์ศตวรรษที่ ๑๘ มอลตาโดยทั่วไปมีความสงบสุขและแทบจะไม่มีบทบาทเกี่ยวข้องกับการเมืองและการเปลี่ยนแปลงในยุโรป ปัญหาที่มอลตาเผชิญอยู่คือการผลัดเปลี่ยนกันขึ้นปกครองมอลตาของขุนนางและเหล่าอัศวินตระกูลต่าง ๆ ซึ่งเมื่อเวลาผ่านไปนานเข้าผู้ปกครองเหล่านี้ก็เหินห่างจากประชาชนและมักกดขี่เอารัดเอาเปรียบเพื่อเสริมสร้างความมั่งคั่งและอำนาจของตน ความนิยมของประชาชนต่อพวกอัศวินก็ลดน้อยลง
     ในช่วงที่สงครามการปฏิวัติฝรั่งเศส (French Revolutionary Warsค.ศ. ๑๗๙๒-๑๘๐๒) กำลังขยายตัวไปทั่วทั้งยุโรปตลอดจนดินแดนโพ้นทะเลที่อยู่ในการปกครองของมหาอำนาจที่เป็นคู่สงครามกับฝรั่งเศส คณะกรรมการอำนวยการ(Directory) ซึ่งเป็นรัฐบาลชุดสุดท้ายของสมัยการปฏิวัติฝรั่งเศส ค.ศ. ๑๗๘๙(French Revolution of 1789) สนับสนุนให้นายพลนโปเลียน โบนาปาร์ตยกทัพไปบุกอียิปต์เพื่อทำลายการค้าของอังกฤษในทะเลเมดิเตอร์เรเนียนและขัดขวางไม่ให้อังกฤษเข้าไปมีอำนาจในอินเดียได้อย่างมั่นคง ในระหว่างการเดินทางไปอียิปต์ในค.ศ. ๑๗๙๘ นโปเลียนจึงเห็นเป็นโอกาสเข้ายึดครองมอลตา และมีชัยชนะอย่างง่ายดายเพราะชาวมอลตาซึ่งเบื่อหน่ายผู้ปกครองของตนให้การสนับสนุนทั้งเห็นว่าฝรั่งเศส คือผู้ปลดปล่อย แต่ความชื่นชมต่อฝรั่งเศส และนโปเลียนก็เป็นช่วงเวลาอันสั้น เมื่อกองทหารฝรั่งเศส เริ่มปิดโบสถ์ิวหารและยึดสมบัติและศิลปวัตถุที่มีค่าของศาสนจักรและพระราชวังกลับประเทศ นโปเลียนซึ่งพักอยู่ที่มอลตา ๑ สัปดาห์ก่อนเดินทางต่อไปอียิปต์ก็นำดาบฝังเพชรของผู้ปกครองมอลตากลับไปด้วยและเหลือกองทหาร ๑,๐๐๐ คนประจำการไว้ที่มอลตา ชาวมอลตาจึงรวมตัวกันต่อต้านกองทหารฝรั่งเศส และแม้จะสามารถขับกองทหารฝรั่งเศส ให้ถอยร่นไปจนมุมที่กรุงวัลเลตตาได้ในที่สุดแต่ก็ล้มเหลวหลายครั้งในการเข้าชิงวัลเลตตากลับคืนต่อมามอลตาจึงหันไปขอความช่วยเหลือจากอังกฤษ พลเรือเอก ฮอเรชีโอ เนลสัน(Horatio Nelson) จึงส่งกองเรือหลังของทัพเรืออังกฤษมาช่วยซึ่งมีผลให้ฝรั่งเศส ซึ่งยึดครองมอลตาเกือบ ๒ ปี ต้องยอมแพ้เมื่อวันที่ ๕ กันยายน ค.ศ. ๑๘๐๐ และถอนกำลังออกจากมอลตา
     ใน ค.ศ. ๑๘๐๒ นโปเลียนซึ่งปกครองฝรั่งเศส ในระบบกงสุล (ConsulateSystem) เปิดการเจรจาสงบศึกกับอังกฤษเพื่อยุติสงครามระหว่างกัน ทั้ง ๒ ฝ่ายได้ร่วมลงนามในสนธิสัญญาอาเมียง (Treaty of Amiens) ที่เมืองอาเมียงในภาคตะวันตกเฉียงเหนือของฝรั่งเศส เมื่อวันที่ ๒๕ มีนาคม ค.ศ. ๑๘๐๒ ตามสนธิสัญญาฉบับนี้ อังกฤษต้องคืนเกาะมอลตาให้แก่เจ้าของเดิมคืออัศวินแห่งมอลตา แต่มอลตาต่อต้านและขออยู่ใต้การอารักขาของอังกฤษทั้งถือว่ากษัตริย์อังกฤษคือผู้ปกครองของตนโดยมีเงื่อนไขว่าศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกยังคงเป็นศาสนาของมอลตาและให้อังกฤษยอมรับคำประกาศว่าด้วยสิทธิของชาวมอลตาในการเลือกผู้ปกครองของตนเอง ซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๑ (Alexander I) แห่งรัสเซีย ซึ่งตัดความสัมพันธ์กับฝรั่งเศส ทรงประกาศว่าพระองค์จะไม่ยุ่งเกี่ยวกับความตกลงสนธิสัญญาอาเมียงและไม่ขัดขวางการที่มอลตาจะเข้ารวมกับอังกฤษ คำประกาศของรัสเซีย จึงทำให้อังกฤษยอมรับเงื่อนไขดังกล่าว และต่อมาฝรั่งเศส ก็ให้สัตยาบันความตกลงในสนธิสัญญาปารีสใน ค.ศ. ๑๘๑๔
     ในช่วงเวลาที่อังกฤษปกครองมอลตากว่า ๑๕๐ ปี แม้อังกฤษจะไม่ให้ความสำคัญต่อมอลตาเท่าใดนัก แต่ก็ได้สร้างรากฐานความเจริญสมัยใหม่ให้แก่มอลตาทางการเมือง การศึกษา และสังคมรวมทั้งทำให้ศาสนจักรในมอลตาเป็นอิสระจากการควบคุมของคริสตจักรในซิซีลี ทั้งกำหนดพันธะหน้าที่ของเหล่าขุนนางมอลตาไว้อังกฤษยังสร้างท่าเทียบเรือขนาดใหญ่ขึ้น และใช้ท่าเรือใหญ่ (Grand Harbour)ในวัลเลตตาเป็นฐานปฏิบัติการกองทัพเรืออังกฤษในแถบทะเลเมดิเตอร์เรเนียน[แต่ในช่วงก่อนสงครามโลกครั้งที่ ๒ ได้ย้ายฐานปฏิบัติการกองทัพเรือไปที่เมืองอะเล็กซานเดรีย (Alexandria) ในอียิปต์แทน] ในศตวรรษที่ ๑๙ มอลตายังกลายเป็นสถานที่พักผ่อนของพวกปัญญาชนและนักการเมืองคนสำคัญของอังกฤษซึ่งนิยมมาเที่ยวและพำนักกันเป็นเวลานับเดือนเป็นต้นว่าลอร์ดไบรอน (Lord Byron)เซอร์วอลเตอร์ สกอตต์ (Sir Walter Scott) และเบนจามิน ดิสเรลี (BenjaminDisraeli) ผู้นำคนสำคัญของพรรคอนุรักษนิยม (Conservative Party) อังกฤษยังสนับสนุนการเพิ่มจำนวนประชากรด้วยการดู แลด้านสุขภาพอนามัยซึ่งทำให้อัตราการตายลดน้อยลงและการเกิดเพิ่มสูงขึ้นใน ค.ศ. ๑๙๒๑ มอลตาประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับแรกที่ให้อำนาจการปกครองตนเอง โดยสภาสูงและสภาผู้แทนราษฎรมีอำนาจอิสระในการปกครองภายในยกเว้นการป้องกันประเทศและนโยบายด้านต่างประเทศยังคงอยู่ในการควบคุมของอังกฤษ
     เมื่อเบนีโต มุสโสลีนี (Benito Mussolini) ผู้นำพรรคฟาสซิสต์ประสบความสำเร็จในการสถาปนาการปกครองตามแนวความคิดลัทธิฟาสซิสต์ (Fascism)ขึ้นในอิตาลี ในทศวรรษ ๑๙๓๐ มุสโสลีนีซึ่งต้องการขยายอำนาจของอิตาลี เข้าไปในยุโรปตอนกลางและตอนใต้ได้ปลุกระดมชาวอิตาลี ให้สนับสนุนเขาในการแย่งชิงมอลตาจากอังกฤษโดยอ้างว่าชาวมอลตาสืบสายมาจากชนชาติอิตาลี เพราะภาษาพูดของมอลตาคล้ายคลึงกับภาษาท้องถิ่นอิตาลี ทั้งก่อนที่อังกฤษจะเข้าครอบครองมอลตา ชนชั้นผู้นำของมอลตาก็ใช้ภาษาอิตาลี เป็นภาษาพูดทั่วไป อย่างไรก็ตามการปลุกระดมของมุสโสลีนีก็ประสบความสำเร็จไม่มากนัก แต่ก็มีผลให้อังกฤษต้องหาทางแก้ไขโดยประกาศให้ภาษาอังกฤษซึ่งนิยมพูดกันทั่วไปเป็นภาษาราชการเช่นเดียวกับภาษามัลตีสใน ค.ศ. ๑๙๓๔
     ใน ค.ศ. ๑๙๓๖ โยอาคิม ฟอน ริบเบนทรอพ (Joachim von Ribbentrop)รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศเยอรมันได้เจรจากับเคานต์กาเลียซโซเชียโน (Galeazzo Ciano) รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศอิตาลี เพื่อทำสนธิสัญญาพันธมิตรทหารในความตกลงที่เรียกกันว่า กติกาสัญญาเหล็ก (Pact of Steel)กติกาสัญญาเหล็กในเวลาต่อมามีส่วนทำให้อิตาลี ใช้สถานการณ์สงครามที่เยอรมนี เป็นฝ่ายมีชัยชนะแสวงหาผลประโยชน์ให้แก่อิตาลี โดยประกาศสงครามกับมหาอำนาจพันธมิตรเมื่อวันที่ ๑๐ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๔๐ ในวันรุ่งขึ้นอิตาลี ซึ่งไม่พอใจที่อังกฤษใช้มอลตาเป็นฐานปฏิบัติการควบคุมแถบเมดิเตอร์เรเนียน และเป็นหน่วยดักฟังการสื่อสารทางวิทยุของเยอรมนี จึงส่งกำลังทางอากาศโจมตีมอลตาโดยทิ้งระเบิดในวันเดียวถึง ๖ ครั้ง และต่อมาโดยเฉลี่ยวันละ ๒-๓ ครั้งอย่างไรก็ตาม การโจมตีทางอากาศอย่างต่อเนื่องของอิตาลี ก็ไม่มีผลรุนแรงมากนัก เนื่องจากอิตาลี ใช้เครื่องบินรบแบบเก่าที่บรรจุระเบิดได้ไม่มาก และมีปัญหาในการค้นหาเป้าหมาย การทิ้งระเบิดมักผิดพลาดและเมื่อมีการตอบโต้จากปืนต่อสู้อากาศยานบนเกาะและเรือบรรทุกเครื่องบินของอังกฤษที่ทอดสมอรอบมอลตา เครื่องบินอิตาลี ก็จะถอยกลับ การโจมตีทางอากาศของอิตาลี ในท้ายที่สุดเป็นเพียงการข่มขวัญและการสอดแนมเท่านั้น ขณะเดียวกันชาวมอลตาก็เรียนรู้ที่จะปรับตัวกับการโจมตีทางอากาศและฝ่ายพันธมิตรก็ตระหนักว่ากองกำลังทางอากาศของอิตาลี ไร้ประสิทธิภาพอย่างมาก ในช่วง ๕ เดือนแรกของการโจมตี เครื่องบินอิตาลี ถูกยิงทำลายถึง๓๗ ลำ และชาวมอลตาเสียชีวิตเพียง ๓๓๐ คน และบาดเจ็บสาหัส ๒๙๗ คนเท่านั้น
     ในเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๔๑ เยอรมนี ให้จอมพลอากาศอัลแบร์ท เคสเซิลริง(Albert Kesselring) เป็นผู้ควบคุมพื้นที่ยุทธศาสตร์ทางยุโรปใต้โดยเฉพาะอิตาลี และแถบเมดิเตอร์เรเนียน รวมทั้งประสานการรบกับจอมพล แอร์ิวน รอมเมิล(Erwin Rommel) ในแอฟริกาเหนือ เคสเซิลริงจึงสั่งให้ถล่มมอลตาเพื่อแสดงศักยภาพของกองกำลังทางอากาศเยอรมนี ว่าเหนือกว่าอิตาลี และเพื่อยึดมอลตาเป็นฐานกำลังหนุนการบุกของเยอรมนี ทางแนวรบด้านคลองสุเอช แต่อดอล์ฟ ฮิตเลอร์(Adolf Hitler) ผู้นำเยอรมนี ในเวลาต่อมาไม่เห็นด้วยกับการยึดมอลตาซึ่งทำให้เยอรมนี ไม่ได้ทุ่มกำลังโจมตีมอลตาอย่างเต็มที่ อย่างไรก็ตาม ยุทธการที่มอลตา(Battle of Malta) ใน ค.ศ. ๑๙๔๒ ก็เป็นการรบที่ดุเดือดในเมดิเตอร์เรเนียน มอลตาถูกโจมตีทางอากาศอย่างหนักที่สุดโดยเยอรมนี ทิ้งระเบิดทั้งกลางวันและกลางคืนทั้งสามารถปิ ดล้อมมอลตาไว้ได้ยาวนานจนผู้คนบนเกาะขาดเสบียงและเชื้อเพลิงทั้งตกอยู่ในสภาวะย่ำแย่แต่มอลตาก็ยึนหยัดต่อสู้อย่างกล้าหาญ ส่วนหนึ่งเป็นเพราะมอลตาประกอบด้วยถ้ำหินปูนมากทั้งมีกำบังอย่างดีซึ่งเป็นที่หลบซ่อนได้และการทิ้งระเบิดอย่างต่อเนื่องส่งผลทางจิตวิทยา เพราะทำให้ทุกคนไม่คิดยอมจำนนอย่างไรก็ตามการโจมตีทางอากาศอย่างหนักและยาวนานทำให้ผู้นำฝ่ายพันธมิตรหลายคนเริ่มเห็นว่าการพยายามรักษามอลตาไว้ไม่คุ้มค่า และมีการเปิดประชุมลับเพื่อตัดสินว่าจะยอมจำนนหรือไม่ แต่วนิสตัน เชอร์ชิลล์ (Winston Churchill) นายกรัฐมนตรีอังกฤษต่อต้านความคิดการยอมแพ้และดึงดันให้รักษามอลตาไว้ ฝ่ายพันธมิตรจึงดำเนินการทุกวิถีทางในการช่วยเหลือมอลตาที่ถูกปิดล้อม และต่อมาเรือบรรทุกเครื่องบินสหรัฐอเมริกาก็นำเครื่องบินรบแบบสปิตไฟร์ (spitfires) มาช่วยซึ่งทำให้ฝ่ายพันธมิตรสามารถเจาะผ่านด่านการปิดล้อมฝ่ายอักษะได้พระเจ้าจอร์จที่ ๖ (George VI) แห่งอังกฤษทรงมอบเหรียญกล้าหาญจอร์จ (George Cross) อิสริยาภรณ์สูงสุดทางทหารให้แก่มอลตาในวีรกรรมของการต่อสู้ซึ่งเป็นกรณีพิเศษที่มอบแก่ดินแดนแทนบุคคลการมอบเหรียญกล้าหาญจอร์จดังกล่าวมีผลทางจิตวิทยาอย่างมากเพราะทำให้ชาวมอลตามีขวัญและกำลังใจดีขึ้น ทั้งเริ่มสามารถปฏิบัติการตอบโต้การโจมตีจนมีชัยชนะในที่สุด และส่วนหนึ่งเป็นเพราะฮิตเลอร์ให้ถอนกำลังโจมตีทางอากาศไปหนุนช่วยการรุกของจอมพล เอวิน รอมเมิลในแอฟริกาเหนือ มอลตาซึ่งถูกเปรียบเทียบว่าเป็นแวร์เดิงแห่งเมดิเตอร์เรเนียน (Verdun of the Mediterranean) ยังได้รับการชื่นชมจากประธานาธิบดีแฟรงกลิน รู สเวลต์ (Franklin Roosevelt) แห่งสหรัฐอเมริกาว่าเป็นเปลวไฟเล็ก ๆ ที่เจิดจ้าในความมืดมิดของสงคราม กล่าวกันว่าหากไม่มีมอลตาก็จะไม่มีเอลอะลาเมน (El-Alamein) เพราะมอลตาทำให้เยอรมนี พ่ายแพ้เร็วขึ้นและอังกฤษสามารถครอบครองทะเลเมดิเตอร์เรเนียนและรุกรบมีชัยชนะฝ่ายอักษะในแอฟริกาเหนือได้ในที่สุด
     หลังจากสงครามโลกครั้งที่ ๒ รัฐบาลอังกฤษซึ่งประกาศสดุดีความกล้าหาญอันโดดเด่นของมอลตาในระหว่างสงครามโลกอนุมัติเงิน ๑๐ ล้านปอนด์ในการบูรณะฟื้นฟูมอลตาและอีก ๒๐ ล้านปอนด์ในการวางท่อน้ำมันเพื่อพัฒนามอลตาในการเลือกตั้งทั่วไปครั้งแรกหลังสงครามใน ค.ศ. ๑๙๔๗ พรรคแรงงานมอลตีส(Maltese Labour Party - MLP) ได้เป็นผู้นำการจัดตั้งรัฐบาลและมีนโยบายเปิดรับความช่วยเหลือทางเศรษฐกิจจากสหรัฐอเมริกาเพื่อพัฒนาประเทศ ต่อมาใน ค.ศ. ๑๙๕๕ ดอน มินทอฟฟ์ (Don Mintoff) นายกรัฐมนตรีซึ่งมาจากพรรคแรงงานมอลตีส ได้จัดการลงประชามติให้มอลตาเข้ารวมกับอังกฤษและให้มีผู้แทนของมอลตาในสภาสามัญ แม้ชาวมอลตาที่ลงคะแนนเสียง ๖๗,๖๐๗ คนจาก๙๐,๓๔๓ คน จะสนับสนุนการเข้ารวมกับอังกฤษ แต่รัฐบาลอังกฤษยังเห็นว่าผลการลงประชามติยังไม่สะท้อนเจตจำนงที่แท้จริงของชาวมอลตาเพราะยังคงมีประชาชนอีกจำนวนหนึ่งที่ไม่ได้ออกเสียง อย่างไรก็ตาม อังกฤษก็ยอมให้มอลตามีผู้แทนในสภาสามัญและให้กระทรวงมหาดไทยรับผิดชอบดูแลมอลตาแทนหน่วยงานอาณานิคมมอลตามีอำนาจอธิปไตยในการปกครองตนเองภายในยกเว้นด้านการป้องกันประเทศนโยบายต่างประเทศและระบบภาษีอากร นอกจากนี้ ปัญหาสำคัญประการหนึ่งที่มอลตาเผชิญหลังสงครามคือ ชาวมอลตาอพยพไปตั้งรกรากในอังกฤษ ออสเตรีย และอเมริกาเหนือเป็นจำนวนมาก และใน ค.ศ. ๑๙๕๔พลเมืองจำนวน ๑๑,๔๒๐ คนหรือประมาณร้อยละ ๓อพยพออกนอกประเทศ ใน ค.ศ. ๑๙๕๗อังกฤษประกาศลดงบประมาณป้องกันมอลตาซึ่งมีผลให้ชาวมอลตามากกว่า ๑๓,๐๐๐ คนที่ทำงานในท่าเทียบเรือซึ่งใช้เป็นฐานทัพเรือของอังกฤษในมอลตาต้องตกงาน นโยบายดังกล่าวมีผลทำให้ความต้องการที่จะเข้ารวมกับอังกฤษยุติลงและนายกรัฐมนตรีมินทอฟฟ์เรียกร้องให้มีการแก้ไขรัฐธรรมนูญที่จะให้อำนาจอธิปไตยแก่มอลตามากขึ้นและให้มอลตาเป็นเอกราช
     ใน ค.ศ. ๑๙๕๙อังกฤษประกาศยุติการใช้ท่าเทียบเรือในมอลตาและจัดทำแผนพัฒนา ๕ ปีที่จะทำให้มอลตาสร้างความสัมพันธ์กับโลกภายนอกและยืนหยัดได้ด้วยตนเองเหมือนในอดีต แผนพัฒนามอลตาดังกล่าวจึงมีนัยถึงการจะให้เอกราชแก่มอลตา ซึ่งทำให้ข้อเรียกร้องของกลุ่มการเมืองต่าง ๆ ในการแก้ไขรัฐธรรมนูญและการจะแยกตัวออกจากอังกฤษยุติลงชั่วคราว ต่อมา อังกฤษให้เอกราชแก่มอลตาเมื่อวันที่ ๒๑ กันยายน ค.ศ. ๑๙๖๔ ซึ่งกลายเป็นวันชาติของประเทศและได้ทำข้อตกลงร่วมกันที่จะให้ความช่วยเหลือด้านการป้องกันประเทศและการเงินเป็นเวลา๑๐ ปี แม้มอลตาจะเป็นประเทศเอกราชแต่ก็ยังคงรวมอยู่ในเครือจักรภพ โดยสมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบทที่ ๒ (Elizabeth II) ยังทรงเป็นองค์ประมุขในปีเดียวกันนั้นมอลตาก็เข้าเป็นสมาชิกองค์การสหประชาชาติ (United Nations)เมื่อวันที่ ๑ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๖๔
     หลังได้รับเอกราช แม้มอลตาจะพยายามดำเนินนโยบายต่างประเทศด้วยการไม่ฝักใฝ่ฝ่ายใด (non-alignment) เพื่อหวังความช่วยเหลือทางการเงินจากประเทศตะวันตกมาพัฒนาประเทศแต่ก็มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับลิเบียและลิเบียขายน้ำมันให้มอลตาในราคาทุนขณะที่ราคาน้ำมันในตลาดโลกช่วงทศวรรษ ๑๙๗๐มีราคาสูงลิ่ว ในทศวรรษ ๑๙๖๐ มอลตาซึ่งตระหนักถึงความสำคัญของประชาคมเศรษฐกิจยุโรปหรืออีอีซี(European Economic Community - EEC) ได้เริ่มหารือกับประเทศอีอีซีเพื่อสร้างความสัมพันธ์ทางเศรษฐกิจและเพื่อวางพื้นฐานการพัฒนาทางการค้าระหว่างมอลตากับยุโรปและประเทศในแถบเมดิเตอร์เรเนียน ต่อมา มอลตาก็ประกาศใช้เงินสกุลใหม่ที่เรียกว่ามอลตีสลีรา ซึ่งทำให้ค่าเงินของประเทศที่ผูกติดเงินปอนด์ของอังกฤษถูกยกเลิก ใน ค.ศ. ๑๙๗๒ มอลตาขอยกเลิกข้อตกลงที่มีกับอังกฤษใน ค.ศ. ๑๙๖๔ และทำความตกลงฉบับใหม่ที่เอื้อประโยชน์ทางเศรษฐกิจของประเทศในการที่มีฐานทัพองค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือหรือนาโต (NorthAtlantic Treaty Organization - NATO) ประจำอยู่ในมอลตา ความตกลงฉบับใหม่ซึ่งมีระยะเวลา ๗ ปี (ค.ศ. ๑๙๗๒-๑๙๗๘) กำหนดให้อังกฤษจ่ายค่าเช่าในการคงฐานทัพในมอลตาปี ละ ๑๔ ล้านปอนด์ อย่างไรก็ตาม ในเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๙๗๘มอลตาก็ยกเลิกสัญญาการเช่าพื้นที่เป็นฐานทัพซึ่งทำให้กองกำลังอังกฤษต้องถอนตัวออกจากมอลตาในที่สุด
     ใน ค.ศ. ๑๙๗๔ มอลตาเปลี่ยนระบอบการปกครองเป็นสาธารณรัฐโดยมีรัฐสภาและมีประธานาธิบดีเป็นประมุข เซอร์แอนโทนีมาโม (Sir Anthony Mamo)ข้าหลวงใหญ่คนสุดท้ายของอังกฤษได้เป็นประธานาธิบดีคนแรกของประเทศและดอน มินทอพฟ์ ผู้นำพรรคแรงงานมอลตีสเป็นนายกรัฐมนตรีจนถึง ค.ศ. ๑๙๘๔มอลตาได้ประกาศนโยบายความเป็นกลางและทำความตกลงว่าด้วยความร่วมมือทางเศรษฐกิจ การค้า และวัฒนธรรมกับประเทศต่าง ๆ เช่น สหรัฐอเมริกา สหภาพโซเวียต จีนอิตาลี กลุ่มประเทศในยุโรปตะวันออก ลิเบียและตูนิเซีย ขณะเดียวกันก็ตกลงในความช่วยเหลือทางวิชาการจากประเทศต่าง ๆด้วย ใน ค.ศ. ๑๙๘๗ มอลตาแก้ไขรัฐธรรมนูญซึ่งเดิมกำหนดว่าพรรคการเมืองที่ได้เสียงกว่าร้อยละ ๕๐ ในสภาผู้แทนราษฎรเท่านั้นจะมีสิทธิจัดตั้งรัฐบาลได้เป็นพรรคการเมืองที่ได้เสียงข้างมากสามารถจัดตั้งรัฐบาลได้ และแก้ไขเพิ่มเติมอีก ๒ มาตราโดยกำหนดสถานภาพความเป็นกลางของประเทศและนโยบายการไม่ฝักใฝ่ฝ่ายใดรวมทั้งการห้ามต่างชาติเข้าแทรกแซงในการเลือกตั้ง
     ในทศวรรษ ๑๙๘๐ และ ๑๙๙๐ ปัญหาการเมืองสำคัญของมอลตาคือการสมัครเข้าเป็นสมาชิกของสหภาพยุโรป (European Union) พรรคชาตินิยม(Nationalist Party - NP) ซึ่งเป็นพรรคการเมืองใหญ่ที่เป็นคู่แข่งของพรรคแรงงานมอลตีสสนับสนุนการเข้าเป็นสมาชิกในขณะที่พรรคแรงงานมอลตีสคัดค้าน ในช่วงที่๒พรรคการเมืองใหญ่ผลัดกันขึ้นบริหารประเทศ ต่างพยายามผลักดันนโยบายของตนเกี่ยวกับสหภาพยุโรปให้บรรลุผล ในการเลือกตั้งเดือนกันยายน ค.ศ. ๑๙๘๘พรรคชาตินิยมได้เสียงข้างมากจัดตั้งรัฐบาลและเริ่มรณรงค์การเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปอีกครั้งหนึ่งโดยจัดให้มีการลงประชามติเมื่อวันที่ ๘ มีนาคม ค.ศ. ๒๐๐๓ผลปรากฏว่าจำนวนประชาชนร้อยละ ๕๔ ที่มาออกเสียงเห็นด้วยร้อยละ ๙๑อย่างไรก็ตาม พรรคแรงงานมอลตีสไม่ยอมรับผลการลงประชามติซึ่งนำไปสู่การเลือกตั้งก่อนกำหนดเมื่อวันที่ ๑๒ เมษายน ค.ศ. ๒๐๐๓พรรคชาตินิยมได้รับเสียงข้างมากถึงร้อยละ ๕๑.๗๙ รวม ๓๕ ที่นั่ง ในขณะที่พรรคแรงงานมอลตีสได้ร้อยละ๔๗.๕๑ รวม ๓๐ ที่นั่ง มอลตาจึงเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปในที่สุดเมื่อวันที่ ๑๔พฤษภาคม ค.ศ. ๒๐๐๔ หลังการเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปมอลตาก็ถอนตัวจากการเป็นสมาชิกกลุ่มประเทศไม่ฝักใฝ่ฝ่ายใด นอกจากนี้ เอดดีฟี เนชอะดามี(EddieFenech Adami) ประธานาธิบดีซึ่งเป็นผู้นำพรรคชาตินิยมที่รณรงค์เรื่องการเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปตั้งแต่ทศวรรษ ๑๙๖๐ ก็ประกาศลาออกจากการเป็นผู้นำพรรคที่ยาวนาน ลอว์เรนซ์ กอนซี (Lawrence Gonzi) ก็ได้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าพรรคสืบแทนและได้รับแต่งตั้งเป็นนายกรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๒๒ มีนาคม ค.ศ. ๒๐๐๔
     ปัจจุบันอุตสาหกรรมด้านการท่องเที่ยวเป็นอุตสาหกรรมหลักที่นำรายได้มาสู่มอลตา รัฐบาลส่งเสริมและสนับสนุนการลงทุนด้านธุรกิจโรงแรมชั้นนำและที่พักรวมทั้งการพัฒนามอลตาให้เป็นศูนย์กลางการจอดพักของเรือทัศนาจรในแถบเมดิเตอร์เรเนียน ขณะเดียวกันก็รณรงค์เรื่องการแปรรูปด้านต่าง ๆ ซึ่งรวมทั้งกิจการธนาคาร การสื่อสารโทรคมนาคม สนามบินนานาชาติและอื่น ๆ ตลอดจนออกกฎหมายด้านต่าง ๆ เพื่อยกระดับการครองชีพของประเทศให้เข้าเกณฑ์มาตรฐานของสหภาพยุโรป รัฐบาลยังเน้นด้านการศึกษาโดยกำหนดการศึกษาภาคบังคับแบบให้เปล่าทุกระดับสำหรับพลเมืองระหว่างอายุ ๖-๑๖ ปี และทุก ๆ เมืองและหมู่บ้านต้องมีโรงเรียนของรัฐในระดับอนุบาลจนถึงมัธยม อุตสาหกรรมด้านอิเล็กทรอนิกส์ที่กำลังพัฒนาและเติบโตก็มีส่วนทำให้การศึกษาด้านเทคนิคและวิศวกรรมขยายตัว ได้มีส่วนกระตุ้นให้เกิดการจัดตั้งมหาวิทยาลัยใหม่ที่เน้นด้านโปลิเทคนิค นอกเหนือจากมหาวิทยาลัยแห่งมอลตาที่ก่อตั้งขึ้นใน ค.ศ. ๑๙๕๒นอกจากนี้ มอลตายังได้ชื่อว่าเป็นประเทศที่มีอัตราการใช้อินเทอร์เน็ตและโทรศัพท์เคลื่อนที่สูงที่สุดประเทศหนึ่งในยุโรป.